Desde el punto de vista hidrológico el sistema ha sufrido importantes cambios, por una parte por causas naturales, pero principalmente por acciones del hombre.
En origen, las entradas superficiales al lago eran muy escasas. Antes de la expansión del riego, los Ríos Júcar y Turia, actores principales (sobre todo el Turia) en la génesis del sistema, no contribuían de manera permanente a su balance hídrico, únicamente vertían al estanque en las situaciones de avenida.
El desarrollo del regadío incrementó extraordinariamente la entrada de aguas superficiales. La expansión del regadío de L’Horta, de la Acequia Real del Júcar y de las Acequias Mayores de Sueca y Cullera derivó hacia el lago una enorme cantidad de agua fluvial que anteriormente se perdía en el mar, tendencia que ha ido en crecimiento a lo largo de los últimos siglos.
El sector ocupado por los marjales y el lago presenta un suelo permeable, pero saturado por aguas saladas y salmueras (aguas fósiles) que se comportan como una barrera impermeable para el resto del acuífero, dando lugar a un ascenso del flujo de agua dulce a lo largo de la interfase agua dulce-salada; esto da lugar a la presencia de numerosos manantiales, conocidos como “ullals” a lo largo del borde oeste del marjal.
Artificialización del sistema hídrico
En el caso de L’Albufera el control antrópico de la hidrología ha sido debido sobre todo al diseño y creación de sistemas de riego necesarios para la expansión de la agricultura de regadío. Ello sin obviar otros aspectos como las fluctuaciones en el nivel del mar o el mantenimiento hidrogeológico en el entorno de L’Albufera. Así, una de las máximas preocupaciones de los que han tenido a su cargo el régimen de L’Albufera ha sido la del perfecto funcionamiento de su mecanismo hidrológico, procurando que las aguas tengan el nivel adecuado a cada momento del cultivo del arroz. Las actuaciones realizadas a lo largo del tiempo para hacer posible la expansión de este tipo de cultivo en torno a L’Albufera han sido muchas. Estas actuaciones se pueden dividir en dos grupos:
La obra más representativa fue la segunda sección de la Acequia Real del Júcar, canal que permitió transformar en regadío las tierras que se extendían entre el Río Magro y el Barranco de Torrente. A lo largo del siglo XVIII y XIX se abrieron nuevas acequias en la Ribera Baja y en la Huerta de Valencia, multiplicando, entre todas ellas, por diez la entrada de caudales a L’Albufera.
Esta comunicación ha sido controlada por el hombre mediante la construcción de canales artificiales llamados golas. Anteriormente al siglo XVIII, el lago se comunicaba con el mar por una única gola (la Gola de L’Albufera) que tenía unos 200 metros de anchura, permitiendo el flujo de agua en ambos sentidos según las condiciones meteorológicas. Con posterioridad el hombre fue incrementando la comunicación con el mar excavando nuevas golas hasta llegar a las tres que conocemos hoy día, que son:
Parece ser que la artificialización de la salida al mar fue consecuencia del problema que planteaba la sedimentación secular de los materiales sólidos arrastrados por las aguas que afluyen al lago, lo que podía provocar el taponamiento natural de la salida de aguas al mar produciendo resultados catastróficos en los cultivos limítrofes al lago. Esto y la necesidad de regular y reglamentar los periodos de inundación fue lo que llevó a plantearse el problema del desagüe y a la ampliación de la comunicación con el mar.