Hoy en día, como consecuencia de la excesiva explotación y el deterioro de la calidad del agua, la actividad pesquera en el lago es muy diferente a la existente años atrás.
El principal problema radica en la disminución de la calidad físico-química del agua, causada por los vertidos de aguas residuales, así como por productos de la actividad agrícola. Ello ha desencadenado una serie de alteraciones de tipo fisico-químico y biológico que han modificado el habitat de los peces, afectando a los especies más sensibles.
Otro aspecto en el que se puede identificar un cambio sustancial de esta actividad en la zona es la modalidad de pesca existente. La reducción en las poblaciones de determinadas especies (como por ejemplo la gamba) o el escaso interés económico de otras (carpa), ha provocado el desuso de algunos métodos tradicionales de pesca. Por otra parte, la disminución de las condiciones de visibilidad en las aguas de La Albufera ha hecho que los sistemas de pesca “en compañías” prácticamente no se utilicen, aumentando, por su poder de captura, otros útiles de pesca como las redes fijas y las nasas aisladas.
Hasta hace unos años se pescaban especies que hoy no son objeto de explotación, bien a causa de su escaso valor comercial, como por ejemplo la carpa (Cyprinus carpio) o el carpín (Carassius carassius), o bien porque , pese a su elevado valor económico, el volumen de capturas ha descendido notablemente a causa de su escasez, como es el caso de la lubina o llobarro (Dicentrarchus labrax).
Actualmente la pesca únicamente se mantiene gracias a las llisas. Las otras dos especies, anguila y llobarro, que tradicionalmente se capturaban en La Albufera, han ido desapareciendo progresivamente. La llisa, debido a su abundancia en el lago, se exporta a países como Italia, lo que hace que su rentabilidad aumente, utilizándose principalmente para hacer harinas. El resto de las especies se pescan fundamentalmente para consumo propio.
Como medida para atenuar el impacto de la pesca y con el objetivo de que el lago se recupere, durante los meses de julio (únicamente la segunda quincena), agosto y septiembre sólo se permite la pesca con caña.
Efectos del aumento de las poblaciones de cormoranes:
El Cormorán Grande (Phalacrocorax carbo), especie tradicionalmente invernante en la Península ibérica, está cambiando sus hábitos y ha registrado desde mediados de la década de los 1990 un lento pero continuo proceso de colonización de algunos embalses del interior peninsular. En la actualidad alcanza una población de casi 50 parejas reproductoras, repartidas por 11 provincias.
Estudios realizados en sus áreas de alimentación han puesto de manifiesto el gran impacto que estas aves ictiófagas producen sobre las poblaciones de peces de granja, al predar principalmente ejemplares de tallas grandes, abundantes en las piscifactorías, que además resultan muy fáciles de apresar por la elevada densidad que presentan.
Actualmente, los cormoranes que invernan en L´Albufera se distribuyen principalmente por la marjal, que durante esta fase del año permanece totalmente inundada, y con unos niveles hídricos favorables para la presencia de esta especie buceadora. Las zonas más frecuentadas parecen ser el arrozal de Silla, Sueca norte y la Mata del Fang, con constantes movimientos tanto a otras partes del Parque Natural (arrozales de Valencia y de Sollana) como de fuera (Cauce Nuevo del Turia y Puerto de Valencia).
Los elevados niveles de predación de los cormoranes pueden entrar en conflicto con los intereses de los pescadores, que realizan una actividad tradicional por todo el Parque Natural.