La problemática relacionada con la fauna del Parque de l’Albufera afecta principalmente, y de manera más directa, a las comunidades de aves y peces. Sin embargo, anfibios, mamíferos y reptiles no quedan exentos de la afección producida por la industrialización, la introducción de especies o la acción antrópica.
A continuación se describen los principales problemas a los que se enfrentan estas comunidades, así como sus consecuencias:
Introducción de especies: en los últimos años han sido introducidas por diversos motivos, pero especialmente con fines deportivos, algunas especies de origen exótico y, por lo tanto, no propias de L´Albufera. Estas especies, la mayoría de origen americano, se caracterizan por ser más resistentes a la contaminación y más agresivas, por lo que compiten ventajosamente con algunas especies autóctonas de menor tamaño, llegando incluso a fomentar su desaparición. Dos ejemplos de especies recientemente introducidas son la perca americana y el pez sol.
Con todo ello, la alteración de la vegetación presente produce problemas, principalmente de erosión, así como de modificación de parámetros químicos y de empobrecimiento de las comunidades zoológicas.
Destrucción de huevos y otros individuos: La falta de vegetación acuática provoca que los individuos sean más visibles y vulnerables frente a los depredadores. La utilización de maquinaria en el arrozal puede afectar a los huevos fecundados.
Este es el caso de dos especies, el fumarel cariblanco (Chlydonias hybridus) y el ostrero euroasiático (Haematopus ostralegus) que han desaparecido del Parque Natural en el último siglo. En ambos casos, las extinciones han sido causadas por agentes antrópicos, que han alterado las condiciones ambientales y paisajísticas de L’Albufera.
Dentro de los muchos ambientes presentes en el Parque Natural de L’Albufera, el tramo de litoral de La Devesa y la playa del Dosel es uno de los que presenta un mayor interés ecológico y conservacionista por la presencia de dos especies de aves escasas en otros ambientes: el chorlitejo patinegro (Charadrius alexandrinus) y el charrancito (Sterna albifrons). Ambas especies nidifican en el primer cordón dunar, aunque utilizan preferentemente la primera línea de playa. La época de reproducción coincide plenamente con los meses de mayor demanda turística, principalmente mayo, junio y julio, siendo ésta una época conflictiva por la ocupación del espacio por parte de los turistas. Por ello, las poblaciones de ambas especies en el litoral de L’Albufera han sufrido una fuerte regresión desde los años 1960, coincidiendo con el comienzo de la explotación turística y la afluencia masiva de veraneantes a las playas de L’Albufera.
La afluencia masiva de turistas durante ciertas épocas del año afecta a la presencia de muchas especies, y repercute en la conservación de la biodiversidad del Parque Natural de L’Albufera.