Humedal

Los principales impactos que afectan al humedal son los mismos que los que afectan al lago, siendo estos:

Contaminación:Vertidos directos todavía sin depurar de origen urbano o industrial y efluentes tratados procedentes de estaciones depuradoras. A pesar de la importante inversión pública en materia de saneamiento llevada a cabo en los últimos veinte años existen todavía deficiencias estructurales de funcionamiento muy importantes en el Colector Oeste y en todos los municipios comprendidos entre Valencia y Silla incluidos sus polígonos industriales, y sistemas tan relevantes como Albufera-Sur, Alzira-Carcaixent o Paterna-Fuente del Jarro son todavía inoperantes. A los vertidos urbanos e industriales deben añadirse las descargas, altamente contaminantes, de los sistemas unitarios a través de aliviaderos en episodios de lluvia. En la actualidad, el Colector Oeste llega a agotar su capacidad y, en consecuencia, a producir descargas directas por los distintos aliviaderos existentes incluso en tiempo seco. También el funcionamiento de los equipos de bombeo en línea del Colector Oeste presenta deficiencias graves.
Aportes superficiales de escorrentía natural, procedentes de unas cuencas vertientes fuertemente urbanizadas o en proceso de urbanización, a lo que cabe añadir la deforestación de parte de la cuenca propia que aumenta la erosión y aporte de materiales terrígenos. Las crecidas en los barrancos tributarios arrastran una gran cantidad de sedimentos antrópicos y materiales erosionados.
Retornos de riego (superficiales y subterráneos) procedentes del sistema Túria: son derivados a través de la red de acequias de Quart, Mislata, Favara y Canal del Túria o acequia de L'Oro y la calidad de sus aguas es pésima, especialmente la de las dos últimas que tienen la toma en el azud del Repartiment, altamente contaminado con los vertidos no tratados de núcleos residenciales de Paterna y el polígono industrial Fuente del Jarro. Los retornos de riego procedentes de la Acequia Real son de mucho mejor calidad, además de representar un gran volumen.

Lago

La Albufera de Valencia es la laguna del litoral mediterráneo más alterada caracterizandose como un sistema hipertrófico extremo:

Aguas muy poco profundas (0.5 - 1 m), no estratificadas, de forma que los sedimentos y los nutrientes que contienen pueden ser resuspendidos fácilmente en el agua por la acción del viento.
Abundancia de fitoplancton, especialmente de cianofíceas. La producción primaria es una de las máximas en un ecosistema acuático. Es decir, el exceso de nutrientes favorece un desarrollo desmedido de la materia vegetal fotosintetizadora..
Los ciclos de oxígeno y de nutrientes están desequilibrados.

El estado de eutrofia del lago, determinado por los vertidos de materia orgánica y fecal, está agravado por los vertidos tóxicos, tanto industriales como agrícolas. El flujo de agua esta regulado totalmente según las necesidades del cultivo de arroz, lo que dificulta la adopción de medidas destinadas a la mejora de la calidad del agua.

Las albuferas son sistemas que evolucionan de forma natural hacia su colmatación. En L'Albufera de Valencia este proceso se ha acelerado como consecuencia de distintos factores resultantes de la presión antrópica. La función del marjal perimetral como trampa de sedimentos está prácticamente perdida en su situación actual como consecuencia de la existencia de una extensa red de canales, acequias, azarbes e instalaciones de bombeo que reducen los tiempos de permanencia del agua por debajo de los necesarios para que se produzca una sedimentación efectiva, aunque esta afirmación no puede ser tan categórica en el caso de los tancats . El comportamiento es en todo caso diferente en las avenidas de las cuencas propias y de las procedentes del río Júcar.